根据监管部门的相关规定基金管理公司从事特定资产管理业务，应当设立专门的业务部门或者设立专门的子公司。投资经理与证券投资基金的基金经理不得相互兼任，基金公司应建立健全公平交易制度和措施，公平对待所有投资人。基金管理公司的子公司开展特定资产管理业务，也应当符合前款规定的条件。因此，基金公司开展专户理财业务，不会影响共同基金的利益。